《火影忍者》手游采用了动漫的情节作为游戏的背景，力争让大家在游戏中，体验到原汁原味的动漫剧情。在一个忍者的世界，故事从主人公漩涡鸣人的孤儿生活开始，四代火影为了保护村子，将攻击村子九尾妖狐封印到了他体内，鸣人因此受尽了村人的冷落，只是拼命用各种恶作剧，试图吸引大家的注意力。在伊鲁卡老师的关心引导下，漩涡鸣人的性格变得非常乐观。
为了保护忍者世界，漩涡鸣人的目标是成为火影。在火影的修炼道路上，漩涡鸣人认识了宇智波佐助、春野樱等伙伴，并与他的好伙伴一起，与忍者世界的各种邪恶势力作斗争，并粉碎这些邪恶的阴谋。玩家可扮演漩涡鸣人、宇智波佐助、春野樱等忍者，去保护这个忍者世界。
